Zavod za kliničku mikrobiologiju i hospitalne infekcije

Uzorci iz gornjeg respiratornog (dišnog ) sustava:

Vrste:

obrisak nosa

obrisak nazofarinksa

obrisak ždrijela

obrisak oka

obrisak uha: bakteriološki, samo kod rupture bubnjića, inače aspirat srednjeg uha mikološki na zahtjev *

aspirat uha

aspirat sinusa

Osobitosti:

poslati dva obriska, jedan za bakteriologiju, drugi za gljive

orijentacijski se kod upale uha može uzeti obrisak nazofarinksa, ali je korelacija s etiološkim uzročnikom upale srednjeg uha ili sinusa mala

Popis pretraga:

izravna bakteriološka dijagnostika očekivanih patogena gornjeg respiratornog sustava kultivacijom i identifikacijom uzročnika te izrada testa antimikrobna osjetljivosti

Uzimanje uzoraka:

obrisak ždrijela:

1. štapić za uzorkovanje označiti imenom i prezimenom bolesnika i vremenom uzorkovanja

2. progutati slinu

3. otvoriti usta

4. špatulom lagano pritisnuti bazu jezika

5. koristiti bris od dakrona i kalcij alginata koji nije potrebno prethodno navlažiti sterilnom fiziološkom otopinom

6. obrisati tonzile, nepčane lukove, izbjegavajući bazu jezika, bukalnu sluznicu kako se uzorak ne bi kontaminirao fiziološkom florom usne šupljine

7. uzorak odmah donijeti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta (do 48 sati) bris staviti u transportnu podlogu i u hladnjak na +4⁰C

8. uzgoj obriska na Neisseria gonorrhoeae radi se na zahtjev

obisak nosa:

1. štapić za uzorkovanje označiti imenom i prezimenom bolesnika i vremenom uzorkovanja

2. koristiti tanki elastični štapić za uzorkovanje prethodno navlažen sterilnom fiziološkom otopinom

3. držati glavu ravno

4. staviti bris 1 cm najprije u jednu, potom u drugu nosnicu, lagano rotirati 10 -15 sekundi kako bi se upio sekret iz prednjih nosnih hodnika

5. uzorak odmah odnijeti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta bris staviti u transportnu podlogu i ostaviti na sobnoj temperaturi

6. obrisak nosa primarno se koristi radi otkrivanja kliconoštva stafilokokom odnosno meticilin rezistentnim Staphylococcus aureus

obrisak nazofarinksa:

1. štapić za uzorkovanje označiti imenom i prezimenom bolesnika i vremenom uzorkovanja

2. koristiti tanki, elastični štapić za uzorkovanje prethodno navlažen sterilnom fiziološkom otopinom

3. glava bolesnika se lagano zabaci unatrag, podigne lagano vrh nosa da se izravna nosni hodnik

4. štapićenm lagano ući u donji nosni hodnik do stražnjeg zida nazofarinksa, lagano rotirati da se upije sekret

5. uzorak odmah odnijeti u mikribiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta bris staviti u transportnu podlogu i ostaviti na sobnoj temperaturi

6. obrisak nosa primarno se koristi radi otkrivanja kliconoštva na očekivane respiratorne patogene

aspirat sinusa:

1. aspirat sinusa je ciljani uzorak kod sumnje na sinusitis

2. uzorak odmah odnijeti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta, sadržaj staviti u transportni medij i ostaviti na sobnoj temperaturi

obrisak vanjskog uha –zvukovoda:

1. prvim brisom namočenim u sterilnu fiziološku otopinu dekontaminirati područje vanjskog zvukovoda

2. drugim brisom oprezno ući u zvukovod i uzeti uzorak

3. uzorak odmah odnijeti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta bris staviti u transportnu podlogu i pohraniti u hladnjak na +4⁰ C

4. obrisak se uzima kod sumnje na infekciju vanjskog uha ili zvukovoda, a ne pri sumnji na infekciju srednjeg uha

5. poslati dva uzorka jedan za kultivaciju i identifikaciju bakterija, a drugi za kultivaciju i identifikaciju gljiva

srednje uho:

1. ušku lagano potisnuti unazad i izravnati vanjski slušni kanal

2. dekontaminirati područje vanjskog slušnog kanala brisom namočenim u sterilnu fiziološku otopinu

3. sadržaj srednjeg uha uzima se aspiracijom pomoću igle i šprice

4. bris se može iznimno uzeti kod perforiranog bubnjića

5. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta uzorak staviti u transportni medij i ostaviti na sobnoj temperaturi

6. brisom nazofarinksa ne može se odrediti uzročnik upale srednjeg uha

oko

spojnica oka-konjuktiva:

1. brisom namočenim u sterilnu fiziološku otopinu prebrisati konjuktivu svakog oka zasebno

2. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta bris staviti u transportnu podlogu i pohraniti na sobnoj temperaturi

3. pri sumnji na infekciju klamidijom obrisak konjuktive gornje vjeđe uzeti brisom od dakrona i pohraniti u transportni medij za klamidije. Uzorak se obrađuje u HZZJ RH, Rockeffelerova 2, budući da komercijalni testovi kojima raspolaže mikrobiološki laboratorij ne podržavaju izolaciju klamidija iz oka i rezultat pretrage nije moguće pouzdano interpretirati

4. precizno ispuniti uputnicu o dijagnozi, osnovnoj bolesti, antimikrobnoj terapiji te o vremenu kada je posljednji put primjenjena lokalna antimikrobna terapija

rožnica:

1. ciljani uzorak je strugotina korneje ili bris ulkusa

2. uzorak odmah poslati u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta, ostaviti u transportni medij za anaerobe, na sobnoj temperaturi

3. strugotine korneje za dijagnostiku Acantamoebe poslati u parazitolološki laboratorij HZJZ RH, Rockeffelerova 2, u transportnom mediju

4. strugotine korneje za dijagnostiku herpes infekcije poslati u virusološki laboratorij HZJZ RH, Rockeffelerova 2

Vrste:

iskašljaj ( sputum):

bakteriološki

mikološki

M. tbc. preparat bojan po Ziehl Neelsonu

aspirat traheje:

bakteriološki

mikološki

M. tbc. preparat bojan po Ziehl Neelsonu

bronhoalveolarni lavat:

bakteriološki

mikološki

M. tbc. preparat bojan po Ziehl Neelsonu

pleuralni punktat:

bakteriološki

mikološki

M. tbc. preparat bojan po Ziehl Neelsonu

bioptat pluća:

bakteriološki

mikološki

M. tbc. preparat bojan po Ziehl Neelsonu

urin – dokaz antigena Legionella pneumophilia serogroup 1

serologija –dokaz IgM antitijela na antigen Chlamydophyla pneumoniae i Mycoplasma pneumoniae

urin – dokaz antigena Streptococus pneumoniae

Osobitost:

uzorci donjeg dišnog sustava su ciljani uzorci za određivanje uzročnika bakterijske upale pluća kao i drugih infekcija donjeg dišnog sustava. Obrada je semikvantitativna, kvantitativna i kvalitativna. U postavljanju dijagnoze pneumonije potrebno je oduzeti i uzorke krvi za hemokulturu.

Popis pretraga:

izravna bakteriološka dijagnostika očekivanih patogena donjeg respiratornog sustava kultivacijom i identifikacijom uzročnika te izrada testa antimikrobna osjetljivosti, te neizravna dijagnostika dokazom antitijela na Clamydophila pneumoniae i Mycoplasma pneumoniae

Uzimanje uzoraka:

Sputum:

1. iskašljaj ili sputum je ciljani uzorak za određivanje uzročnika bakterijske pneumonije samo pod uvjetom da se radi o ekspektoriranom sputumu. Kvaliteta iskašljaja određuje se mikroskopski na temelju odnosa epitelnih stanica i polimorfonukleara. Mikrobiološki laboratorij može nakon uvida u mikroskopski preparat odbaciti uzorak kao nezadovoljavajući uz zahtjev da se ponovi pretraga.

2. ekspektorirani iskašljaj se uzima nakon toalete usne šupljine sterilnom fiziološkom otopinom i prije pranja zubi, a kašalj se inducira inhalacijom ekspektoransa pomoću nebulisera

3. bolesnika treba nagnuti prema naprijed, podražiti ga na iskašljavanje iz dubine kako bi se dobio uzorak iz donjeg dišnog sustava

4. uzima se prvi jutarnji iskašljaj nakon toalete usne šupljine sterilnom fiziološkom otopinom

5. iskašlja se u sterilnu posudicu

6. ako bolesnik ima protezu, prije iskašljavanja treba je izvaditi

7. uzorak se odmah dostavlja u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta pohraniti ga u hladnjak na +4⁰C

8. uzimanje iskašljaja tri dana za redom povećava osjetljivost metode u otkrivanju uzročnika pneumonije

9. na uputnici potrebno naznačiti da li se traži bakteriološka, mikološka pretraga ili M. tuberculosis

10. u mikrobiološkom laboratoriju od dijagnostike za tuberkulozu radi se mikroskopski preparat na Ziehl Neelsen. Mikroskopija na prisustvo ili odsustvo acidorezistentnih bacila je metoda niske osjetljivosti i specifičnosti, stoga se kod kliničke sumnje na tuberkulozu preporuča da se ciljani uzorci pošalju na identifikaciju u HZJZ RH, Referentni centar za tuberkulozu, Rockeffelerova 2

11. kultura i test osjetljivosti standardne bakteriološke i mikološke obrade dostupni su za 2 – 5 dana

Bronhoalveolarni lavat:

1. uzorak se uzima tijekom bronhoskopije, pomoću bronhoskopa. Zahvat se obavlja u anesteziji tako da se sterilnom fiziološkom otopinom ispiru donji dijelovi dišnog sustava, bronhi, bronhioli, alveole te se ista tekućina aspirira i stavlja u sterilne posudice. Ciljani uzorak se može uzeti u zaštićenom kateteru čime se izbjegava sekundarna kontaminacija uzorka fiziološkom florom gornjeg dišnog sustava

2. uzorak se odmah dostavlja u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta ostaviti na sobnoj temperaturi do 24 h-

3. treba uzeti u obzir da anestetik može inhibirati mikrobni rast

4. osim identifikacije mogućeg patogena uzročnika pneumonije i određivanje testa osjetljivosti, metom se određuje i broj mikroorganizma u 1 ml uzorka

5. kultura i test osjetljivosti standardne bakteriološke i mikološke obrade dostupni su za 2 – 5 dana

Bronhalni „brushing“ :

1. tijekom bronhoskopije, četkicom se uđe u donje dijelove dišnog sustava i uzorak se pomoću četkice ili se dio četkice stavi u sterilnu fiziološku otopinu

2. uzorak treba odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta ostaviti na sobnoj temperaturi do 24 h

3. bronhoskopija je invazivni postupak, a primjenjuje se u strogo indiciranim situacijama

4. kultura i test osjetljivosti standardne bakteriološke i mikološke obrade dostupni su za 2 – 5 dana

Aspirat traheje:

1. moguće je uzeti u intubiranih bolesnika ili s traheostomom

2. pažljivo se uvede sterilni kateter u traheju

3. postoje i zatvoreni sustavi za aspiraciju pri čemu je kateter za aspiraciju sastavni dio sustava i nije ga potrebno posebno uvoditi

4. aspirirati sadržaj iz traheje pomoću brizgaljke od 20 ml

5. izvaditi kateter i aspirat staviti u sterilnu posudicu

6. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta ostaviti na sobnoj temperaturi do 24 h

7. obzirom da traheostoma može biti kolonizirana gram pozitivnim i gram negativnim bakterijama, prisutnost istih u kulturi ne predstavlja uzročnika upale pluća. Preporuča se oduzeti 2 uzorka, nakon toalete stome i označiti ih kao prvi i drugi uzorak

8. kultura i test osjetljivosti standardne bakteriološke i mikološke obrade dostupni su za 2 – 5 dana

Transtrahealni aspirat:

1. transtrahealni aspirat je invazivna kirurška metoda i koristi se iznimno

2. za postupak mora biti postavljena jasna indikacija, osobito ako se radi samo u dijagnostičke svrhe ( npr. tuberkuloza)

Serološke pretrage:

Dokaz IgM antitijela prema Clamydophila pneumoniae:

1. ciljani uzorak je serum bolesnika ili puna krv. Krv se oduzima u epruvetu s dodatkom EDTA

2. test je pomoć u postavljanju dijagnoze akutne infekcije

3. C. pneumoniae je isključivo respiratorni patogen, uzročnik vanbolničkih upala pluća u djece i odraslih, akutnih bronhitisa, sinusitisa i faringitisa

4. rezultat testa dostupan je isti dan

Dokaz Ig M antitijela na Mycoplasmu pneumoniae:

1. test je pomoć u dijagnozi akutne infekcije s M. pneumoniae. M. pneumoniae uzročnik je vanbolničke upale pluća djece i odraslih

2. ciljani uzorak je serum bolesnika. Krv se vadi u epruvetu bez dodatka antikoagulansa

3. rezultat testa dostupan je isti dan

Uzorci iz spolnomokraćnog sustava

Vrste:

• Urin – bakteriološki

srednji mlaz prvog jutarnjeg urina

uzorak urina iz urinarnog katetera

uzorak urina dobiven suprapubičnom punkcijom

tri uzorka urina, tri dana zaredom, za dokaz rekurentne bakteriurije*

M.tbc, tri uzorka urina, poslati na HZJZ RH*

• mikoplazme, ureaplazme

prvi mlaz prvog jutarnjeg urina

• klamidije, samo za muškarce

• antigen na Legionella pneumophilla

• mikroskopski preparat

Osobitosti:

*za dodatne pretrage poslati više uzoraka

• 24 satni urin nije prihvatljiv za uzgoj

• urin iz vrećice oduzima se i obrađuje pod određenim uvjetima

• vrh urinarnog katetera nije prihvatljiv za uzgoj

• takve uzorke mikrobiološki laboratorij može odbaciti kao

nezadovoljavajuće uz zahtjev da se ponovi pretraga

• izolacija anaerobnih bakterija moguća je kod uzoraka mokraće

dobivene suprapubičnom punkcijom

• rezultat standardne bakteriološke i mikološke pretrage dostupni su za jedan do četiri dana

Uzimanje uzoraka:

1. uzorak mora biti prva jutarnja mokraća izmokrena odmah nakon buđenja ili zadržana najmanje 4 sata u mokraćnom mjehuru

2. prije uzimanja mokraće oprati vanjsko spolovilo sapunom i tekućom vodom i posušiti

3. za pranje ne smiju se koristiti nikakva dezinfekcijska sredstva

4. muškarci prilikom uzimanja uzorka mokraće moraju povući kožu glansa penisa kako bi se prikazao otvor uretre

5. prvi mlaz urina ispustiti u toalet, uzeti drugi mlaz urina u sterilnu posudicu

6. prilikom uzimanja uzorka izbjegavati doticanje rukom ili prstima unutrašnjost posudice

7. posudicu treba čvrsto zatvoriti poklopcem kako tijekom transporta ne bi došlo do istjecanja i kontaminacije uzorka

8. uzorak se odmah mora dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta pohraniti u hladnjak na + 4⁰ C najviše 24 sata

9. u male djece uzima se urin iz vrećice, vrećica se stavlja nakon pažljive toalete spolovila. Nakon dobivenog uzorka urina sadržaj se pažljivo mora preliti u sterilnu posudicu uz naznaku da se radi o uzorku urina iz vrećice. Iznimno se može uzeti urin uzet suprapubičnom punkcijom

10. u uroloških bolesnika na uputnici treba precizno naznačiti vrstu urološke operacije i način derivacije urina odnosno da li je na koji način promijenjena normalna dinamika pražnjenja urina iz mokraćnog sustava

11. ukoliko se radi o ureterokutanoj stomi, urin iz vrećice nije prihvatljiv. Potrebno je dezinficirati otvor stome 70 % alkoholom, aseptički uvesti kateter u stomu te uzeti uzorak urina u u sterilnu posudicu

12. urin iz katetera uzima se tako da se 70 % alkoholom dezinficira mjesto na kateteru. Iglom i brizgaljkom aspirira se 5-10 ml urina i prebaci u sterilnu epruvetu. Ne uzimati mokraću iz vrećice uz krevet bolesnika.

13. trajni kateter se unutar 48-72 sata kolonizira bakterijama. Stoga je bitno na uputnici precizno naznačiti kada je postavljen kateter i vrstu katetera i razlog postavljanja urinarnog katetera

Bris uretre

• bakteriološki

• mikološki *

• mikoplazme i ureaplazme – dokaz iz briseva uretre kod muškaraca i žena

• klamidije- dokaz iz briseva uretre kod muškaraca

• mikroskopski preparat

Osobitosti:

* za dodatne pretrage poslati više uzoraka

• komercijalni testovi kojima raspolaže mikrobiološki laboratorij podržavaju dokaz mikoplazmi, ureaplazmi i klamidije iz brisa uretre kod muškaraca i dokaz mikoplazma i ureaplazma iz brisa uretre kod žena

• rezultati pretraga dostupni za tri do četiri dana

Uzimanje uzoraka:

1. obrisak uretre na klasičnu bakteriološku analizu uzima se najmanje 1 sat nakon što bolesnik nije mokrio

2. muškarci prilikom uzimanja uzorka moraju povući kožu glansa penisa kako bi se prikazao otvor uretre

3. vanjsko ušće uretre oprati sapunom i isprati vodom

4. tankim žičanim brisom ući u ušće uretre 1 do 2 cm, zarotirati bris, a ako postoji sekret pokupiti sadržaj s ušća uretre

5. obrisak uretre na mikoplazme, ureaplazme i klamidije treba uzeti najmanje 1 sat nakon što bolesnik nije mokrio

6. obrisak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij. U slučaju odgođenog transporta u transportnoj podlozi pohraniti u hladnjak na +4⁰ C do idućeg dana

7. mikoplazme i ureaplazme mogu se dokazati i u prvom malazu prvog jutarnjeg urina

8. za Neisseria gonorrhoeae obrisak staviti u transportni medij, na sobnu temperaturu. Na uputnici precizno naznačiti vrstu uzorka i pretragu koja se traži. Koristiti briseve od dakrona, jer brisevi od kalcij alginata i pamuka inhibiraju rast navedenih mikroorganizama

Ejakulat

• bakteriološki

• mikološki

• mikoplazme i ureaplazme

• mikroskopski preparat

Osobitosti:

*za dodatne pretrage poslati više uzoraka

• rezultati pretrage dostupni su za tri do četiri dana

Uzimanje uzorka:

1. povući nabor prepucija

2. oprati vanjsko spolovilo sapunom i vodom

3. sakupiti ejakulat u sterilnu posudicu

4. uzorak odmah poslati u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta ostaviti ga na sobnoj tempraturi

5. uz uzorak ejakulata potrebno je poslati uzorak urina prije i nakon ejakulacije

Bris rodnice

• dokaz kliconoštva beta hemolitičkog streptokoka serogrupe B u trudnica u 37 tjednu trudnoće.

• ciljano iz obriska vagine treba tražiti Candida spp.

Bris endocerviksa

• bakteriološki

• mikološki

• mikoplazme i ureaplazme

• klamidije

• mikroskopski preparat

Osobitosti:

*za dodatne pretrage poslati više uzoraka

• komercijalni testovi kojima raspolaže mikrobiološki laboratorij podržavaju iz brisa cerviksa dokaz ureaplazma, mikoplazma i klamidija

• rezultati pretraga dostupni za tri do četiri dana

Uzimanje uzorka:

1. briseve uzima specijalist ginekolog, pomoću spekula, bez lubrikanta

2. jednim brisom ukloni se sa cerviksa vaginalni sekret i sluz

3. drugim brisom uđe se u endocervikalni kanal, lagano zarotirati bris obrnutim od smjera kazaljke na satu. Bris poslati odmah u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta bris u transportnoj podlozi ostaviti na sobnoj temperaturi do 24 h.

4. za klamidije ponoviti isti postupak, ali upotrijebiti žičani bris kojim se uzme obrisak endocerviksa

5. poslati u transportnom mediju u laboratorij

6. za mikoplazme i ureaplazme bris se uzima na klasičan način, šalje odmah u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta pohranjuje se u transportnom mediju na +4⁰C

7. za dokaz Neisseria gonorrhoeae ciljani uzorci su obrisci endocerviksa i anus. Obrisak treba odmah poslati u laboratorij u transportnom mediju, a na uputnici precizno naznačiti vrstu uzorka i pretragu na Neisseria gonorrhoeae

Plodna voda

• bakteriološki

• mikološki

• mikroskopski preparat

Kiretman

• bakteriološki

• mikološki

• mikroskopski preparat

Implantat (spirala)

• bakteriološki

• mikološki

* uz spiralu, obavezno poslati i bris cerviksa

Osobitosti:

• aseptičnim postupkom oduzeti uzorak kako bi se smanjila mogućnost kontaminacije uzorka fiziološkom florom urogenitalnog sustava i problem interpretacije nalaza

Uzimanje uzorka:

1. uzorke plodne vode, tkiva, implantata, abdominalne tekućina, poslati u sterilnoj posudici i / ili bujonu.

2. uzorak se odmah mora dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta uzorak staviti u hranjivi bujon, u termostat ili na sobnoj temperaturi

Popis pretraga:

izravna bakteriološka dijagnostika očekivanih patogena spolno mokraćnog sustava sustava kultivacijom i identifikacijom uzročnika te izrada testa antimikrobne osjetljivosti

Uzorci iz probavnog sustava

Vrste :

• bioptat sluznice želuca na Helicobacter pylori

• • • uzgoj

    • test osjetljivosti

    • mikroskopski preparat

• dokaz antigena Helicobacter pylori iz stolice brzim imunokromatografskim testom

• stolica na primarno enteropatogene bakterije

• • • Salmonella

    • Shigella

    • Campylobacter

    • Yersinia

    • Escherichia coli– EPEC, EHEC

    • Vibrio, Aeromonas, Plesiomonas – ako postoji

opravdana klinička sumnja- potrebno naznačiti na uputnici traženu pretragu

• stolica na rota, adenovirus, noro virus – brzim imunokromatografskim testom

• parazitološki pregled stolice- mikroskopski preparat na ciste i jaja parazita, nativno i metodom koncentracije

• stolica na Entamoeba histolytica – brzi imunokromatografski test

• stolica na gljvice

• dokaz toksina Clostridioides difficile (za bolesnike na antibiotskoj terapiji) brzi imunokromatografski test za dokaz toksina A i B i molekularni test, dokaz DNK Clostridioides difficile

• analni otisak

• mikroskopski preparat: određivanje dominantne flore

(samo za imunonekompetentne bolesnike)

Osobitost:

• uzorak stolice za bakteriološku pretragu najbolje je uzeti na početku bolesti i prije početka antimikrobne terapije

• uzorak stolice za virološku pretragu najbolje je uzeti u prvih 24 sata od početka simptoma bolesti

• uzorak stolice za mikološku pretragu najbolje je uzeti otprilike 7 dana nakon završene antimikrobne terapije

Uzimanje uzoraka:

Bioptat sluznice želuca:

1. tijekom gastroskopije uzima se 2-3 uzorka tkiva (punch biopsija) s promjenjenih mjesta na sluznici želuca

2. bioptat se stavlja u Portagerm pyleri transportni medij

3. uzorak se odmah mora dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta pohraniti na sobnoj temperaturi

4. rezultat pretrage dostupan je za 7-14 dana

Stolica za bakteriološku obradu:

1. uzorak veličine manjeg oraha uzima se kod kliničke slike akutnog proljeva i za kontrolu kliconoštva (Salmonella, Shigella, enteropatogena E. coli, Campylobacter, Yersinia )

2. uzorak proljevaste stolice staviti u čistu posudu, posuda ne mora biti sterilna

3. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta pohraniti u hladnjak na +4 ⁰C do 24 h

4. obrada stolice na toksin Clostridioides difficille iz stolice treba raditi ako bolesnik ima više od 5 stolica u 24 sata i ukoliko je na dugotrajnoj antimikrobnoj terapiji

5. na uputnici navesti vrstu antibiotika i duljinu primjene

6. rezultat pretrage dostupan je za 2 do 3 dana

Obrisak rektuma:

1. uzima se pri utvrđivanju kliconoštva Salmonella, Shigella, Campylobacter, kod bolesnika i osoba kod kojih nije moguće dobiti uzorak stolice

2. uzima se i pri utvrđivanju kliconoštva na entrobakterije koje su rezistentne prema karbapenemima

3. bris uložiti 2 cm iza analnog sfinktera i lagano zarotirati. Na brisu moraju biti vidljivi tragovi stolice

4. rezultat pretrage dostupan je za 3 do 4 dana

Stolica na parazite:

1. u čistu posudu uzme se uzorak stolice kao i za bakteriološku obradu

2. potrebno je poslati tri uzorka tri dana za redom jer se ciste i jajašca parazita nepravilno izlučuju stolicom

3. pretraga se može napraviti tek nakon što je prošlo 5 dana od primjene barijeve kaše ili mineralnih ulja ili prije radiološke obrade probavnog sustava

4. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta pohraniti u hladnjak na + 4⁰C, do 24 h

5. rezultat pretrage dostupan je isti dan

Stolica na gljivice:

1. u čistu posudu uzme se uzorak stolice kao i za bakteriološku pretragu

2. ukoliko se istovremeno traži bakteriološka i mikološka pretraga stolice dovoljan je jedan uzorak stolice

3. naznačiti na uputnici tražene pretrage

4. rezultat pretrage dostupan je za 2-3 dana

Stolica na Entamoeba histolytica:

1. u čistu posudu uzme se uzorak stolice

2. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta stolicu pohraniti u hladnjak na + 4⁰C, do 24 h

3. rezultat testa dostupan je isti dan

Stolica na Clostridioides difficile:

1. u čistu posudu uzme se uzorak stolice

2. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta stolicu pohraniti u hladnjak na + 4⁰C, do 24 h

3. rezultat testa dostupan je isti dan

Stolica na Helicobacter pylori:

1. u čistu posudu uzme se uzorak stolice

2. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta stolicu pohraniti u hladnjak na + 4⁰C, do 24 h

3. rezultat testa dostupan je isti dan

Analni otisak na Enterobius:

1. nakon buđenja, bez prethodnog pranja, zalijepiti samoljepljivu prozirnu traku na čmar, čvrsto pritisnuti, odlijepiti i staviti na predmetno staklo

2. bolesnik se 12 sati prije uzorkovanja ne smije tuširati niti prati analno područje

3. uzorak dostaviti odmah u mikrobiološki laboratorij

4. rezultat pretrage dostupan je isti dan

Stolica za virološku obradu:

1. uzorak je vodenasta stolica, koja se uzima odmah nakon početka simptoma infekcije

2. uzorak se odmah šalje u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta stolicu pohraniti u hladnjak na + 4⁰C do 24 sata

3. rezultat pretrage dostupan je isti dan

Uzorci tjelesnih tekućina

Vrste:

cerebrospinalni likvor

peritonealna tekućina

krv za dokaz bakterijemije (hemokultura)

Osobitosti:

uzorci tjelesnih tekućina uzima liječnik u strogo aseptičkim uvjetima koji podrazumijeva aseptičku pripremu mjesta aspiracije odnosno venepunkcije, sterilan postupak rada, higijena ruku, korištenje sterilnih rukavica i osobna zaštitna sredstva.

Na taj se način smanjuje rizik kontaminacije uzorka fiziološkom florom bolesnika, zdravstvenog osoblja, nežive sredine i problem interpretacije mikrobiološkog nalaza.

Uzimanje uzoraka:

Uzorci krvi za hemokulturu:

1. hemokultura je kultura krvi radi otkrivanja bakterijemije

2. indikacija za uzimanje krvi za hemokulturu je svako febrilno stanje

(temperatura >38⁰C). Krv se uzima uvijek 1 h prije očekivanog porasta

temperature i uvijek prije nove doze antibiotika

3. hemokultura se uzima pod strogo aseptičnim uvjetima

4. potrebno je dezinficirati čep bočice 70 % izopropilnim alkoholom, pričekati otprilike 1 min da alkohol ispari

5. ispalpirati venu

6. dezinficirati mjesto venepunkcije, 70% izopropilnim alkoholom ili antiseptikom za kožu, u koncentričnim krugovima od sredine prema periferiji, pričekati otprilike 1 min da alkohol ispari

7. ponovna palpacija vene moguća je samo sa sterilnim rukavicama

8. uzeti volumen 2-5 ml za djecu, 5-10 ml za odrasle, najmanje 2 seta hemokultura. Jedan set čine 2 bočice (aerobna i anaerobna oduzete s jednog mjesta venepunkcije). Drugi set čine ponovno dvije (aerobna i anaerobna) bočice oduzete s drugog mjesta venepunkcije. Aerobnu bočicu prepoznajemo po zelenom čepu, anaerobnu bočicu po narančastom čepu. Ako se uzorak krvi uzima iglom i špricom najprije se inokulira anaerobna, a zatim aerobna bočica. Ako se krv uzima pomoću zaštićenog nastavka za punkciju bočice, najprije se inokulira aerobna, a zatim anaerobna bočica.

Djeci se krv za hemokulturu uzima u jednu bočicu s žutim čepom. Inokulacija jedne bočice za hemokulturu se ne preporuča, jer pritom pada osjetljivost metode i vrlo je teško interpretirati značajnost izolata pogotovo kada se izoliraju vrste bakterija koje mogu biti kontaminanti i značajni patogeni (npr. koagulaza negativni stafilokoki, korinebakterije, proprionibakterije).

9. oba seta ne moraju se inokulirati odmah ovisno o kliničkom stanju bolesnika, npr. jedan set se uzme prije očekivanog porasta temperature, a drugi ponovno kod očekivanog porasta temperature ali se uzorkovanje oba seta mora završiti unutar 24 sata

10. ne uzimati veću količinu krvi od preporučene, zbog lažno pozitivnog nalaza

11. inokulirane bočice obilježiti imenom i prezimenom bolesnika, nazivom odjela, vremenom i datumom vađenja hemokultura. Ne pisati preko bar koda bočica.

12. inokulirane bočice se moraju odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, ukoliko nije moguće, staviti ih u termostat ili ostaviti na sobnoj temperaturi. Inokulirane bočice ne stavljati u hladnjak.

13. inokulirane bočice stavljaju se u aparat za obradu hemokultura. Negativan nalaz izdaje se nakon pet dana, pozitivna hemokultura odmah se obrađuje, isti dan se javlja pozitivan preliminaran nalaz prema mikroskopskom preparatu, a idući dan javlja se rezultat kulture i testa osjetljivosti. Većina kliničkih značajnih bakterijemija automatiziranom metodom otkriju se unutar 48 sati, a fungemija 72 sata.

14. kod sumnje na uzgojno zahtjevne mikroorganizme ( skupina HACEK ) vrijeme inkubacije inokuliranih bočica se produljuje do 7 dana, stoga je prethodno potreban dogovor s mikrobiologom da se produži inkubacija hemokultura ili traženu pretragu posebno naznačiti na uputnici

Cerebrospinalni likvor:

1. likvor aspirira liječnik nakon dekontaminacije kože 70% izopropilnim alkoholom ili antiseptikom za kožu u strogo aseptičnim uvjetima na nivou L3-L4 ili L4-L5

2. likvor se sakuplja u dvije sterilne epruvete. Jedna za biokemijsku analizu, a druga za bakteriološku analizu

3. minimalna količina likvora koja se šalje u mikrobiološki laboratorij je 1mL

4. uzorak se hitno šalje u mikrobiološki laboratorij i predaje u ruke djelatniku, ukoliko nije moguće ostavlja se u termostatu ili na sobnoj temperaturi. Ne pohranjivati uzorak u hladnjak

5. uz likvor kod sumnje na infekciju središnjeg živčanog sustava obavezno poslati i 2 seta hemokultura

6. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 7 dana

Ostale tjelesne tekućine ( ascites, amnijska tekućina, perikardijalna, pleuralna tekućina, sinovijalna tekućina ):

1. prije aspiracije sadržaja kožu dezinficirati 70% izopropilnim alkoholom ili dezinficijensom za kožu

2. u strogo aseptičnim uvjetima liječnik uzima uzorak perkutanom aspiracijom ili za vrijeme kirurškog zahvata

3. dobiveni sadržaj stavlja se u sterilnu posudu s ili bez hranjivog medija ili u bočicu za hemokulturu

4. uzorak se mora odmah poslati u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta u hranjivom mediju ostaviti na sobnoj temperaturi ili u termostatu

5. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 7 dana

Uzorci kože, sluznica i rana

Vrste lezija i ciljani uzorci:

Površna lezija-ciljani uzorci: dva brisa, aspirat rane, tkivo

Duboka lezija- ciljani uzorci: aspirat rane, tkivo

Kronična rana- ciljani uzorci: aspirat rane, tkivo

Tlačni vrijed- ciljani uzorci: aspirat rane, tkivo

Zatvoreni apsces- ciljani uzorci: aspirat rane, tkivo

Otvoreni apsces- ciljani uzorci: aspirat apscesa, tkivo (stijenka apscesa)

Fistula- ciljani uzorci: aspirat dna fistule ili donje trećine fistule

Osobitosti:

Obrisci su najlošiji izbor uzoraka, jer su takvi uzorci kolonizirani odnosno kontaminirani fiziološkom florom kože. U obriscima mikrobi su izloženi isušivanju i kisiku, pa se takav uzorak mora staviti u reduciranu, neselektivnu transportnu podlogu.

Anaerobne bakterije ugibaju izložene zraku, ali u miješanom rastu s aerobnim bakterijama mogu preživjeti dulje od 24 sata.

Prije uzorkovanja ranu treba dekontaminirati sterilnom fiziološkom otopinom ili antiseptikom prema uputama.

Također kod prisutne nekroze kirurg može učiniti nekrektomiju

odnosno kirurški debridman ili debridman potpornim ovojima.

Uzorke koje nije moguće transportirati do mikrobiološkog laboratorija unutar 1-2 sata, treba pohraniti u transportnom mediju i ostaviti na sobnoj temperaturi. Povišena temperatura može uzrokovati različiti rast nekih mikroba, pa čak i smrt, dok niže temperature mogu uzrokovati porast difuzije kisika i smrt anaerobnih bakterija.

Uzorci rana obrađuju se kvalitativno i kvantitativno, što znači da je moguće odrediti količinu mikroorganizama u rani i prisutnost invazivnih patogena.

Pri odabiru obriska kao ciljanog uzorka, rana se može u odnosu na ukupan broj uzročnika odrediti semikvantitativno pri čemu se izrazit gust rast smatra signifikantan i prezentira dominantnu bakterijsku vrstu. Na uputnici potrebno ja napisati vrstu i mjesto rane jer se potencijalne patogene vrste razlikuju ovisno o vrsti rane, mjestu i prisutnom stranom tijelu

Odabirom bioptata može se iskazati i broj mikroorganizama u uzorku što je značajno za interpretaciju izolata u odnosu na kolonizaciju, kritičnu kolonizaciju i infekciju. Prisutna količina mikroorganizama važan je podatak koji govori o virulenciji mikroorganizama.

Preporuča se uzeti >1 mL sadržaja ili >1 gr tkiva, ako je moguće.

Nalaz kulture i testova osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, ovisno da li je kultura pozitivna ili negativna i radi li se o osjetljivoj ili rezistentnoj bakterijskoj vrsti

Općenito o uzorcima kože, sluznice i rana:

Za mikrobiološku obradu rana bitno je odrediti vrstu uzorka s obzirom na :

1. tip rane (kirurška incizija, traumatska povreda, vrijed noge, kronična rana, dekubitus)

2. mjesto rane

3. kliničke znakove infekcije

4. da li je primjenjena antimikrobna terapija, antiseptik, potporni ovoj ili neka druga vrsta potporne terapije (hiperbarična terapija kisikom, vakum potpomognuto cijeljenje rane i dr.)

Bez obzira na vrstu lezije, prije uzimanja uzorka treba ukloniti površinsku mikrobnu floru, kruste, nekrozu, obilan eksudat. Lezija se ne može obeskličiti, ali se ukupna količina mikroflore može smanjiti na 20%.

Postupci dekontaminacije rane su:

1. mehaničko čišćenje fiziološkom otopinom

   • za ispiranje se koristi sterilna fiziološka otopina zagrijana na 37⁰C, ne starija od 24 sata, u količini od 30 mL

   • čišćenje se vrši pomoću igle i brizgaljke

   • potisak mora biti jačine 4-15 PSI ( Pounds Per Square Inch ili težina 435.59 g na kvadrat veličine 2.54 cm), igla 19 gange, brizgaljka 35 mL, a vrh igle udaljen 2.5-5 cmod površine rane. Jačina mlaza može oštetiti tkivo i instalirati i dispergirati bakterije u okolinu

   • čišćenje rane fiziološkom otopinom nema citostatski učinak na tkivo i ne dovodi do odloženog cijeljenja. Primjenjuje se u svim fazama cijeljenja, pri akutnim i kroničnim ranama, te nakon primjene antiseptika.

2. dekontaminacija antiseptikom, ovisi o vrsti rane i fazi cijeljenja

• primjena antiseptika na otvorenu ranu ovisi o vrsti rane ( akutna, kronična), statusu lezije, fazi cijeljenja i prisutnoj infekciji

• indikacije za primjenu antiseptika mora biti individualna, ciljana i ograničena i to kod:

* inficirane akutne rane

* akutne traumatske povrede

* pri kroničnoj rani u dijabetičara i imunokompromitiranih

neutropeničnih bolesnika

• nakon dekontaminacije rane antisepticima, ranu treba isprati sterilnom i zagrijanom fiziološkom otopinom kako bi se izbjeglo potencijalno citotoksično djelovanje antiseptika

Uzimanje uzoraka:

Akutna površna incizija ili rana:

1. prije uzorkovanja ranu treba dekontaminirati, tj ukloniti koloniziranu mikrobnu floru, nekrozu, krustre, eksudat

2. uzorak uzeti suhim ili u sterilnoj fiziološkoj otopina navlaženim brisom

3. obrisati, ne prečvrsto, dno rane, i/ ili rubove rane, ostaviti otprilike 30 sekundi da bris upije sadržaj rane, ne dodirujući brisom rubove kože

4. postupak ponoviti s još jednim brisom

5. precizno naznačiti koji je prvi, a koji je drugi bris

6. ako je u rani prisutan sekret, aspirirati sadržaj iglom i brizgaljkom u količini > 1 mL

7. uzorak dostaviti u mikrobiološki laboratorij unutar 1-2 sata, u sterilnoj posudici ili u brizgaljci s „kapicom“ (bez stavljene igle). U slučaju odgođenog transporta saržaj u transportnom mediju ostaviti na sobnoj temperaturi do 24 h

8. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, mikroskopski preparat, na zahtjev kliničara može se javiti istog dana

9. mikrobiološki nalaz je izražen semikvantitativno i odnosi se na dominantnu bakterijsku vrstu. Moguće je izolacija više od jedne mikrobne vrste, što nužno ne upućuje na kontaminaciju uzorka nego na polimikrobnu etiologiju rane.

10. mikrobiološki nalaz bez obzira odnosi li se na jednu ili više vrsta bakterija treba interpretirati u skladu s kliničkom slikom

Akutna duboka ( organ, organski prostor, incizija ) rana

Kronična rana (dekubitalni ulkus)

Otvoreni apsces

Fistula:

1. prije uzorkovanja ranu treba dekontaminirati, osobito se odnosi na dekubitalni vrijed koji je najčešće koloniziran gram pozitivnim i gram negativnim bakterijama

2. odgovarajući uzorci su aspirat rane i bioptat tkiva. Bris nije adekvatan uzorak

3. eksudat iz lezije aspirirati iglom i brizgaljkom u količini >1 mL

4. uzorak odmah zatvoriti kapicom ( bez igle ) ili staviti u transportni medij

5. ne preporuča se postupak uzimanja eksudata lezije pomoću dva brisa

6. uzorak tkiva uzima se „punch“ biopsijom sa 3-4 mjesta ili kirurškom biopsijom s dva mjesta ( > 1 gr tkiva)

7. bioptat se uzima na granici inficiranog i zdravog tkiva ili iz stijeke apscesa

8. sadržaj fistule se uzima tako da se najprije sterilnom fiziološkom otopinom dekontaminira okolina lezije, a zatim aspirira sadržaj s dna lezije ili donje trećine lezije

9. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, unutar 1-2 sata u brizgaljci s „kapicom“ (bez igle) ili u sterilnoj posudici s ili bez fiziološke otopine. U slučaju odgođenog transporta sadržaj u transportnom mediju ostaviti na sobnoj temperaturi do 12 sati

10. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, mikroskopski preparat, na zahtjev kliničara može se javiti istog dana

Zatvoreni apsces:

1. prije uzorkovanja površinu apscesa dekontaminirati sterilnom fiziološkom otopinom ili 70 % alkoholom ili antiseptikom za kožu

2. uzorak je aspirat iz dubine dobiven punkcijom pomoću sterilne igle i šprice ili bioptat stijenke apscesa nakon kirurške incizije

3. uzimanje uzorka, transport i pohrana identični su kao i kod otvorenog apscesa

4. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, mikroskopski preparat, na zahtjev kliničara može se javiti istog dana

Celulitis:

1. prije uzorkovanja promjenjenu površinu dekontaminirati sterilnom fiziološkom otopinom ili 70 % alkoholom ili antiseptikom za kožu

2. pomoću igle i šprice aspirira se mjesto najizraženije upale

3. uzorak je aspirat koj se uzima iglom (18-25 gange) i brizgaljkom

4. sadržaj se može poslati u brizgaljci s „kapicom“ (bez igle) ili prebaciti u sterilnu posudidicu i hitno poslati u mikrobiološki laboratorij, a vjerojatnost očekivanog izolata je 25-35%

5. u slučaju odgođenog transporta aspirirani sadržaj preliti hranjivim medijem i ostaviti na sobnoj temperaturi

6. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, mikroskopski preparat, na zahtjev kliničara može se javiti istog dana

Opekline:

1. prije uzimanja uzorka bioptata ili aspirata dekontaminirati ranu

2. učiniti kirurški debridman

3. uzeti bioptat s ruba lezije na granici granulacijskog i nekrotičnog tkiva

4. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta ostaviti u transportnom mediju na sobnoj temperaturi

5. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, mikroskopski preparat, na zahtjev kliničara može se javiti istog dana

Dijelovi kosti i drugi intraoperativni uzorci:

1. uzorak se uzima za vrijeme operativnog zahvata ili zbog ciljane biopsije tkiva

2. dezinficira se koža na mjestu incizije ili biopsije po načelima aseptične pripreme kože

3. bioptate staviti u sterilnu posudu, preliti hranjivim medijem i odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij

4. u slučaju odgođenog transporta, uzorke s bujonom ostaviti na sobnoj temperaturi ili u termostatu

5. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, mikroskopski preparat, na zahtjev kliničara, može se javiti istog dana

Uzorci iz gornjeg respiratornog (dišnog ) sustava:

Vrste:

obrisak nosa

obrisak nazofarinksa

obrisak ždrijela

obrisak oka

obrisak uha: bakteriološki, samo kod rupture bubnjića, inače aspirat srednjeg uha mikološki na zahtjev *

aspirat uha

aspirat sinusa

Osobitosti:

poslati dva obriska, jedan za bakteriologiju, drugi za gljive

orijentacijski se kod upale uha može uzeti obrisak nazofarinksa, ali je korelacija s etiološkim uzročnikom upale srednjeg uha ili sinusa mala

Popis pretraga:

izravna bakteriološka dijagnostika očekivanih patogena gornjeg respiratornog sustava kultivacijom i identifikacijom uzročnika te izrada testa antimikrobna osjetljivosti

Uzimanje uzoraka:

obrisak ždrijela:

1. štapić za uzorkovanje označiti imenom i prezimenom bolesnika i vremenom uzorkovanja

2. progutati slinu

3. otvoriti usta

4. špatulom lagano pritisnuti bazu jezika

5. koristiti bris od dakrona i kalcij alginata koji nije potrebno prethodno navlažiti sterilnom fiziološkom otopinom

6. obrisati tonzile, nepčane lukove, izbjegavajući bazu jezika, bukalnu sluznicu kako se uzorak ne bi kontaminirao fiziološkom florom usne šupljine

7. uzorak odmah donijeti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta (do 48 sati) bris staviti u transportnu podlogu i u hladnjak na +4⁰C

8. uzgoj obriska na Neisseria gonorrhoeae radi se na zahtjev

obisak nosa:

1. štapić za uzorkovanje označiti imenom i prezimenom bolesnika i vremenom uzorkovanja

2. koristiti tanki elastični štapić za uzorkovanje prethodno navlažen sterilnom fiziološkom otopinom

3. držati glavu ravno

4. staviti bris 1 cm najprije u jednu, potom u drugu nosnicu, lagano rotirati 10 -15 sekundi kako bi se upio sekret iz prednjih nosnih hodnika

5. uzorak odmah odnijeti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta bris staviti u transportnu podlogu i ostaviti na sobnoj temperaturi

6. obrisak nosa primarno se koristi radi otkrivanja kliconoštva stafilokokom odnosno meticilin rezistentnim Staphylococcus aureus

obrisak nazofarinksa:

1. štapić za uzorkovanje označiti imenom i prezimenom bolesnika i vremenom uzorkovanja

2. koristiti tanki, elastični štapić za uzorkovanje prethodno navlažen sterilnom fiziološkom otopinom

3. glava bolesnika se lagano zabaci unatrag, podigne lagano vrh nosa da se izravna nosni hodnik

4. štapićenm lagano ući u donji nosni hodnik do stražnjeg zida nazofarinksa, lagano rotirati da se upije sekret

5. uzorak odmah odnijeti u mikribiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta bris staviti u transportnu podlogu i ostaviti na sobnoj temperaturi

6. obrisak nosa primarno se koristi radi otkrivanja kliconoštva na očekivane respiratorne patogene

aspirat sinusa:

1. aspirat sinusa je ciljani uzorak kod sumnje na sinusitis

2. uzorak odmah odnijeti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta, sadržaj staviti u transportni medij i ostaviti na sobnoj temperaturi

obrisak vanjskog uha –zvukovoda:

1. prvim brisom namočenim u sterilnu fiziološku otopinu dekontaminirati područje vanjskog zvukovoda

2. drugim brisom oprezno ući u zvukovod i uzeti uzorak

3. uzorak odmah odnijeti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta bris staviti u transportnu podlogu i pohraniti u hladnjak na +4⁰ C

4. obrisak se uzima kod sumnje na infekciju vanjskog uha ili zvukovoda, a ne pri sumnji na infekciju srednjeg uha

5. poslati dva uzorka jedan za kultivaciju i identifikaciju bakterija, a drugi za kultivaciju i identifikaciju gljiva

srednje uho:

1. ušku lagano potisnuti unazad i izravnati vanjski slušni kanal

2. dekontaminirati područje vanjskog slušnog kanala brisom namočenim u sterilnu fiziološku otopinu

3. sadržaj srednjeg uha uzima se aspiracijom pomoću igle i šprice

4. bris se može iznimno uzeti kod perforiranog bubnjića

5. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta uzorak staviti u transportni medij i ostaviti na sobnoj temperaturi

6. brisom nazofarinksa ne može se odrediti uzročnik upale srednjeg uha

oko

spojnica oka-konjuktiva:

1. brisom namočenim u sterilnu fiziološku otopinu prebrisati konjuktivu svakog oka zasebno

2. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta bris staviti u transportnu podlogu i pohraniti na sobnoj temperaturi

3. pri sumnji na infekciju klamidijom obrisak konjuktive gornje vjeđe uzeti brisom od dakrona i pohraniti u transportni medij za klamidije. Uzorak se obrađuje u HZZJ RH, Rockeffelerova 2, budući da komercijalni testovi kojima raspolaže mikrobiološki laboratorij ne podržavaju izolaciju klamidija iz oka i rezultat pretrage nije moguće pouzdano interpretirati

4. precizno ispuniti uputnicu o dijagnozi, osnovnoj bolesti, antimikrobnoj terapiji te o vremenu kada je posljednji put primjenjena lokalna antimikrobna terapija

rožnica:

1. ciljani uzorak je strugotina korneje ili bris ulkusa

2. uzorak odmah poslati u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta, ostaviti u transportni medij za anaerobe, na sobnoj temperaturi

3. strugotine korneje za dijagnostiku Acantamoebe poslati u parazitolološki laboratorij HZJZ RH, Rockeffelerova 2

4. strugotine korneje za dijagnostiku herpes infekcije poslati u virusološki laboratorij HZJZ RH, Rockeffelerova 2

Vrste:

iskašljaj ( sputum):

bakteriološki

mikološki

M. tbc. preparat bojan po Ziehl Neelsonu

aspirat traheje:

bakteriološki

mikološki

M. tbc. preparat bojan po Ziehl Neelsonu

bronhoalveolarni lavat:

bakteriološki

mikološki

M. tbc. preparat bojan po Ziehl Neelsonu

pleuralni punktat:

bakteriološki

mikološki

M. tbc. preparat bojan po Ziehl Neelsonu

bioptat pluća:

bakteriološki

mikološki

M. tbc. preparat bojan po Ziehl Neelsonu

urin pri sumnji na legionelozu

serologija –dokaz IgM antitijela na antigen Chlamydophyla pneumoniae i Mycoplasma pneumoniae

Osobitost:

uzorci donjeg dišnog sustava su ciljani uzorci za određivanje uzročnika bakterijske upale pluća kao i drugih infekcija donjeg dišnog sustava. Obrada je semikvantitativna, kvantitativna i kvalitativna. U postavljanju dijagnoze pneumonije potrebno je oduzeti i uzorke krvi za hemokulturu.

Popis pretraga:

izravna bakteriološka dijagnostika očekivanih patogena donjeg respiratornog sustava kultivacijom i identifikacijom uzročnika te izrada testa antimikrobna osjetljivosti, te neizravna dijagnostika dokazom antitijela na Clamydophila pneumoniae i Mycoplasma pneumoniae

Uzimanje uzoraka:

Sputum:

1. iskašljaj ili sputum je ciljani uzorak za određivanje uzročnika bakterijske pneumonije samo pod uvjetom da se radi o ekspektoriranom sputumu. Kvaliteta iskašljaja određuje se mikroskopski na temelju odnosa epitelnih stanica i polimorfonukleara. Mikrobiološki laboratorij može nakon uvida u mikroskopski preparat odbaciti uzorak kao nezadovoljavajući uz zahtjev da se ponovi pretraga.

2. ekspektorirani iskašljaj se uzima nakon toalete usne šupljine sterilnom fiziološkom otopinom i prije pranja zubi, a kašalj se inducira inhalacijom ekspektoransa pomoću nebulisera

3. bolesnika treba nagnuti prema naprijed, podražiti ga na iskašljavanje iz dubine kako bi se dobio uzorak iz donjeg dišnog sustava

4. uzima se prvi jutarnji iskašljaj nakon toalete usne šupljine sterilnom fiziološkom otopinom

5. iskašlja se u sterilnu posudicu

6. ako bolesnik ima protezu, prije iskašljavanja treba je izvaditi

7. uzorak se odmah dostavlja u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta pohraniti ga u hladnjak na +4⁰C

8. uzimanje iskašljaja tri dana za redom povećava osjetljivost metode u otkrivanju uzročnika pneumonije

9. na uputnici potrebno naznačiti da li se traži bakteriološka, mikološka pretraga ili M. tuberculosis

10. u mikrobiološkom laboratoriju od dijagnostike za tuberkulozu radi se mikroskopski preparat na Ziehl Neelsen. Mikroskopija na prisustvo ili odsustvo acidorezistentnih bacila je metoda niske osjetljivosti i specifičnosti, stoga se kod kliničke sumnje na tuberkulozu preporuča da se ciljani uzorci pošalju na identifikaciju u HZJZ RH, Referentni centar za tuberkulozu, Rockeffelerova 2

11. kultura i test osjetljivosti standardne bakteriološke i mikološke obrade dostupni su za 2 – 5 dana

Bronhoalveolarni lavat:

1. uzorak se uzima tijekom bronhoskopije, pomoću bronhoskopa. Zahvat se obavlja u anesteziji tako da se sterilnom fiziološkom otopinom ispiru donji dijelovi dišnog sustava, bronhi, bronhioli, alveole te se ista tekućina aspirira i stavlja u sterilne posudice. Ciljani uzorak se može uzeti u zaštićenom kateteru čime se izbjegava sekundarna kontaminacija uzorka fiziološkom florom gornjeg dišnog sustava

2. uzorak se odmah dostavlja u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta ostaviti na sobnoj temperaturi do 24 h-

3. treba uzeti u obzir da anestetik može inhibirati mikrobni rast

4. osim identifikacije mogućeg patogena uzročnika pneumonije i određivanje testa osjetljivosti, metom se određuje i broj mikroorganizma u 1 ml uzorka

5. kultura i test osjetljivosti standardne bakteriološke i mikološke obrade dostupni su za 2 – 5 dana

Bronhalni „brushing“ :

1. tijekom bronhoskopije, četkicom se uđe u donje dijelove dišnog sustava i uzorak se pomoću četkice ili se dio četkice stavi u sterilnu fiziološku otopinu

2. uzorak treba odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođrnog transporta ostaviti na sobnoj temperaturi do 24 h

3. bronhoskopija je invazivni postupak, a primjenjuje se u strogo indiciranim situacijama

4. kultura i test osjetljivosti standardne bakteriološke i mikološke obrade dostupni su za 2 – 5 dana

Aspirat traheje:

1. moguće je uzeti u intubiranih bolesnika ili s traheostomom

2. pažljivo se uvede sterilni kateter u traheju

3. postoje i zatvoreni sustavi za aspiraciju pri čemu je kateter za aspiraciju sastavni dio sustava i nije ga potrebno posebno uvoditi

4. aspirirati sadržaj iz traheje pomoću brizgaljke od 20 ml

5. izvaditi kateter i aspirat staviti u sterilnu posudicu

6. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta ostaviti na sobnoj temperaturi do 24 h

7. obzirom da traheostoma može biti kolonizirana gram pozitivnim i gram negativnim bakterijama, prisutnost istih u kulturi ne predstavlja uzročnika upale pluća. Preporuča se oduzeti 2 uzorka, nakon toalete stome i označiti ih kao prvi i drugi uzorak

8. kultura i test osjetljivosti standardne bakteriološke i mikološke obrade dostupni su za 2 – 5 dana

Transtrahealni aspirat:

1. transtrahealni aspirat je invazivna kirurška metoda i koristi se iznimno

2. za postupak mora biti postavljena jasna indikacija, osobito ako se radi samo u dijagnostičke svrhe ( npr. tuberkuloza)

Serološke pretrage:

Dokaz IgM antitijela prema Clamydophila pneumoniae:

1. ciljani uzorak je serum bolesnika ili puna krv. Krv se oduzima u epruvetu s dodatkom EDTA

2. test je pomoć u postavljanju dijagnoze akutne infekcije

3. C. pneumoniae je isključivo respiratorni patogen, uzročnik vanbolničkih upala pluća u djece i odraslih, akutnih bronhitisa, sinusitisa i faringitisa

4. rezultat testa dostupan je isti dan

Dokaz Ig M antitijela na Mycoplasmu pneumoniae:

1. test je pomoć u dijagnozi akutne infekcije s M. pneumoniae. M. pneumoniae uzročnik je vanbolničke upale pluća djece i odraslih

2. ciljani uzorak je serum bolesnika. Krv se vadi u epruvetu bez dodatka antikoagulansa

3. rezultat testa dostupan je isti dan

Uzorci iz spolnomokraćnog sustava

Vrste:

• Urin – bakteriološki

srednji mlaz prvog jutarnjeg urina

uzorak urina iz urinarnog katetera

uzorak urina dobiven suprapubičnom punkcijom

tri uzorka urina, tri dana zaredom, za dokaz rekurentne bakteriurije*

M.tbc, tri uzorka urina, poslati na HZJZ RH*

• mikoplazme, ureaplazme

prvi mlaz prvog jutarnjeg urina

• klamidije, samo za muškarce

• antigen na Legionella pneumophilla

• mikroskopski preparat

Osobitosti:

*za dodatne pretrage poslati više uzoraka

• 24 satni urin nije prihvatljiv za uzgoj

• urin iz vrećice oduzima se i obrađuje pod određenim uvjetima

• vrh urinarnog katetera nije prihvatljiv za uzgoj

• takve uzorke mikrobiološki laboratorij može odbaciti kao

nezadovoljavajuće uz zahtjev da se ponovi pretraga

• izolacija anaerobnih bakterija moguća je kod uzoraka mokraće

dobivene suprapubičnom punkcijom

• rezultat standardne bakteriološke i mikološke pretrage dostupni su za jedan do četiri dana

Uzimanje uzoraka:

1. uzorak mora biti prva jutarnja mokraća izmokrena odmah nakon buđenja ili zadržana najmanje 4 sata u mokraćnom mjehuru

2. prije uzimanja mokraće oprati vanjsko spolovilo sapunom i tekućom vodom i posušiti

3. za pranje ne smiju se koristiti nikakva dezinfekcijska sredstva

4. muškarci prilikom uzimanja uzorka mokraće moraju povući kožu glansa penisa kako bi se prikazao otvor uretre

5. prvi mlaz urina ispustiti u toalet, uzeti drugi mlaz urina u sterilnu posudicu

6. prilikom uzimanja uzorka izbjegavati doticanje rukom ili prstima unutrašnjost posudice

7. posudicu treba čvrsto zatvoriti poklopcem kako tijekom transporta ne bi došlo do istjecanja i kontaminacije uzorka

8. uzorak se odmah mora dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta pohraniti u hladnjak na + 4⁰ C najviše 24 sata

9. u male djece uzima se urin iz vrećice, vrećica se stavlja nakon pažljive toalete spolovila. Nakon dobivenog uzorka urina sadržaj se pažljivo mora preliti u sterilnu posudicu uz naznaku da se radi o uzorku urina iz vrećice. Iznimno se može uzeti urin uzet suprapubičnom punkcijom

10. u uroloških bolesnika na uputnici treba precizno naznačiti vrstu urološke operacije i način derivacije urina odnosno da li je na koji način promijenjena normalna dinamika pražnjenja urina iz mokraćnog sustava

11. ukoliko se radi o ureterokutanoj stomi, urin iz vrećice nije prihvatljiv. Potrebno je dezinficirati otvor stome 70 % alkoholom, aseptički uvesti kateter u stomu te uzeti uzorak urina u u sterilnu posudicu

12. urin iz katetera uzima se tako da se 70 % alkoholom dezinficira mjesto na kateteru. Iglom i brizgaljkom aspirira se 5-10 ml urina i prebaci u sterilnu epruvetu. Ne uzimati mokraću iz vrećice uz krevet bolesnika.

13. trajni kateter se unutar 48-72 sata kolonizira bakterijama. Stoga je bitno na uputnici precizno naznačiti kada je postavljen kateter i vrstu katetera i razlog postavljanja urinarnog katetera

Bris uretre

• bakteriološki

• mikološki *

• mikoplazme i ureaplazme – dokaz iz briseva uretre kod muškaraca i žena

• klamidije- dokaz iz briseva uretre kod muškaraca

• mikroskopski preparat

Osobitosti:

* za dodatne pretrage poslati više uzoraka

• komercijalni testovi kojima raspolaže mikrobiološki laboratorij podržavaju dokaz mikoplazmi, ureaplazmi i klamidije iz brisa uretre kod muškaraca i dokaz mikoplazma i ureaplazma iz brisa uretre kod žena

• rezultati pretraga dostupni za tri do četiri dana

Uzimanje uzoraka:

1. obrisak uretre na klasičnu bakteriološku analizu uzima se najmanje 1 sat nakon što bolesnik nije mokrio

2. muškarci prilikom uzimanja uzorka moraju povući kožu glansa penisa kako bi se prikazao otvor uretre

3. vanjsko ušće uretre oprati sapunom i isprati vodom

4. tankim žičanim brisom ući u ušće uretre 1 do 2 cm, zarotirati bris, a ako postoji sekret pokupiti sadržaj s ušća uretre

5. obrisak uretre na mikoplazme, ureaplazme i klamidije treba uzeti najmanje 1 sat nakon što bolesnik nije mokrio

6. obrisak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij. U slučaju odgođenog transporta u transportnoj podlozi pohraniti u hladnjak na +4⁰ C do idućeg dana

7. mikoplazme i ureaplazme mogu se dokazati i u prvom malazu prvog jutarnjeg urina

8. za Neisseria gonorrhoeae obrisak staviti u transportni medij, na sobnu temperaturu. Na uputnici precizno naznačiti vrstu uzorka i pretragu koja se traži. Koristiti briseve od dakrona, jer brisevi od kalcij alginata i pamuka inhibiraju rast navedenih mikroorganizama

Ejakulat

• bakteriološki

• mikološki

• mikoplazme i ureaplazme

• Trichomonas vaginalis

• mikroskopski preparat

Osobitosti:

*za dodatne pretrage poslati više uzoraka

• rezultati pretrage dostupni su za tri do četiri dana

Uzimanje uzorka:

1. povući nabor prepucija

2. oprati vanjsko spolovilo sapunom i vodom

3. sakupiti ejakulat u sterilnu posudicu

4. uzorak odmah poslati u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta ostaviti ga na sobnoj tempraturi

5. uz uzorak ejakulata potrebno je poslati uzorak urina prije i nakon ejakulacije

6. za dokaz Trichomonas vaginalis ciljani uzorci su prvi mlaz prvog jutarnjeg urina, ejakulat u muškaraca, bris rodnice u žena. Uzorak se treba odmah dostaviti u milkrobiološki laboratorij na temperaturi 30-37⁰C. Rezultat izravne mikroskopije dostupan je istog dana. Kultura na Trichomonas vaginalis za sada se ne radi.

Bris rodnice

• dokaz kliconoštva beta hemolitičkog streptokoka serogrupe B u trudnica u 37 tjednu trudnoće.

• ciljano iz obriska vagine treba tražiti Trichomonas vaginalis i Candida spp.

Bris endocerviksa

• bakteriološki

• mikološki

• mikoplazme i ureaplazme

• klamidije

• mikroskopski preparat

Osobitosti:

*za dodatne pretrage poslati više uzoraka

• komercijalni testovi kojima raspolaže mikrobiološki laboratorij podržavaju iz brisa cerviksa dokaz ureaplazma, mikoplazma i klamidija

• rezultati pretraga dostupni za tri do četiri dana

Uzimanje uzorka:

1. briseve uzima specijalist ginekolog, pomoću spekula, bez lubrikanta

2. jednim brisom ukloni se sa cerviksa vaginalni sekret i sluz

3. drugim brisom uđe se u endocervikalni kanal, lagano zarotirati bris obrnutim od smjera kazaljke na satu. Bris poslati odmah u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta bris u transportnoj podlozi ostaviti na sobnoj temperaturi do 24 h.

4. za klamidije ponoviti isti postupak, ali upotrijebiti žičani bris kojim se uzme obrisak endocerviksa

5. poslati u transportnom mediju u laboratorij

6. za mikoplazme i ureaplazme bris se uzima na klasičan način, šalje odmah u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta pohranjuje se u transportnom mediju na +4⁰C

7. za dokaz Neisseria gonorrhoeae ciljani uzorci su obrisci endocerviksa i anus. Obrisak treba odmah poslati u laboratorij u transportnom mediju, a na uputnici precizno naznačiti vrstu uzorka i pretragu na Neisseria gonorrhoeae

Plodna voda

• bakteriološki

• mikološki

• mikroskopski preparat

Kiretman

• bakteriološki

• mikološki

• mikroskopski preparat

Implantat (spirala)

• bakteriološki

• mikološki

* uz spiralu, obavezno poslati i bris cerviksa

Osobitosti:

• aseptičnim postupkom oduzeti uzorak kako bi se smanjila mogućnost kontaminacije uzorka fiziološkom florom urogenitalnog sustava i problem interpretacije nalaza

Uzimanje uzorka:

1. uzorke plodne vode, tkiva, implantata, abdominalne tekućina, poslati u sterilnoj posudici i / ili bujonu.

2. uzorak se odmah mora dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta uzorak staviti u hranjivi bujon, u termostat ili na sobnoj temperaturi

Popis pretraga:

izravna bakteriološka dijagnostika očekivanih patogena spolno mokraćnog sustava sustava kultivacijom i identifikacijom uzročnika te izrada testa antimikrobne osjetljivosti

Uzorci iz probavnog sustava

Vrste :

• bioptat sluznice želuca na Helicobacter pylori

• • • uzgoj

    • test osjetljivosti

    • mikroskopski preparat

• dokaz antigena Helicobacter pylori iz stolice brzim imunokromatografskim testom

• stolica na primarno enteropatogene bakterije

• • • Salmonella

    • Shigella

    • Campylobacter

    • Yersinia

    • Escherichia coli– EPEC, EHEC

    • Vibrio, Aeromonas, Plesiomonas – ako postoji

opravdana klinička sumnja- potrebno naznačiti na uputnici traženu pretragu

• stolica na rota, adenovirus, noro virus – brzim imunokromatografskim testom

• parazitološki pregled stolice- mikroskopski preparat na ciste i jaja parazita

• stolica na Entamoeba histolytica – brzi imunokromatografski test

• stolica na gljvice

• dokaz toksina Clostridium difficile (za bolesnike na antibiotskoj terapiji) brzi imunokromatografski test za dokaz toksina A i B

• analni otisak

• mikroskopski preparat: određivanje dominantne flore

(samo za imunonekompetentne bolesnike)

Osobitost:

• uzorak stolice za bakteriološku pretragu najbolje je uzeti na početku bolesti i prije početka antimikrobne terapije

• uzorak stolice za virološku pretragu najbolje je uzeti u prvih 24 sata od početka simptoma bolesti

• uzorak stolice za mikološku pretragu najbolje je uzeti otprilike 7 dana nakon završene antimikrobne terapije

Uzimanje uzoraka:

Bioptat sluznice želuca:

1. tijekom gastroskopije uzima se 2-3 uzorka tkiva (punch biopsija) s promjenjenih mjesta na sluznici želuca

2. bioptat se stavlja u sterilnu fiziološku otopinu ili u Brucella bujon

3. uzorak se odmah mora dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta pohraniti u hladnjak na +4⁰ C od 24 h

4. rezultat pretrage dostupan je za 7-14 dana

Stolica za bakteriološku obradu:

1. uzorak veličine manjeg oraha uzima se kod kliničke slike akutnog proljeva i za kontrolu kliconoštva (Salmonella, Shigella, enteropatogena E. coli, Campylobacter, Yersinia )

2. uzorak proljevaste stolice staviti u čistu posudu, posuda ne mora biti sterilna

3. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta pohraniti u hladnjak na +4 ⁰C do 24 h

4. obrada stolice na toksin Clostridium difficille iz stolice treba raditi ako bolesnik ima više od 5 stolica u 24 sata i ukoliko je na dugotrajnoj antimikrobnoj terapiji

5. na uputnici navesti vrstu antibiotika i duljinu primjene

6. rezultat pretrage dostupan je za 2 do 3 dana

Obrisak rektuma:

1. uzima se pri utvrđivanju kliconoštva Salmonella, Shigella, Campylobacter, kod bolesnika i osoba kod kojih nije moguće dobiti uzorak stolice

2. uzima se i pri utvrđivanju kliconoštva na entrobakterije koje su rezistentne prema karbapenemima

3. bris uložiti 2 cm iza analnog sfinktera i lagano zarotirati. Na brisu moraju biti vidljivi tragovi stolice

4. rezultat pretrage dostupan je za 3 do 4 dana

Stolica na parazite:

1. u čistu posudu uzme se uzorak stolice kao i za bakteriološku obradu

2. potrebno je poslati tri uzorka tri dana za redom jer se ciste i jajašca parazita nepravilno izlučuju stolicom

3. pretraga se može napraviti tek nakon što je prošlo 5 dana od primjene barijeve kaše ili mineralnih ulja ili prije radiološke obrade probavnog sustava

4. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta pohraniti u hladnjak na + 4⁰C, do 24 h

5. rezultat pretrage dostupan je isti dan

Stolica na gljivice:

1. u čistu posudu uzme se uzorak stolice kao i za bakteriološku pretragu

2. ukoliko se istovremeno traži bakteriološka i mikološka pretraga stolice dovoljan je jedan uzorak stolice

3. naznačiti na uputnici tražene pretrage

4. rezultat pretrage dostupan je za 2-3 dana

Stolica na Entamoeba histolytica:

1. u čistu posudu uzme se uzorak stolice

2. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta stolicu pohraniti u hladnjak na + 4⁰C, do 24 h

3. rezultat testa dostupan je isti dan

Stolica na Clostridium difficille:

1. u čistu posudu uzme se uzorak stolice

2. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta stolicu pohraniti u hladnjak na + 4⁰C, do 24 h

3. rezultat testa dostupan je isti dan

Stolica na Helicobacter pylori:

1. u čistu posudu uzme se uzorak stolice

2. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta stolicu pohraniti u hladnjak na + 4⁰C, do 24 h

3. rezultat testa dostupan je isti dan

Analni otisak na Enterobius:

1. nakon buđenja, bez prethodnog pranja, zalijepiti samoljepljivu prozirnu traku na čmar, čvrsto pritisnuti, odlijepiti i staviti na predmetno staklo

2. bolesnik se 12 sati prije uzorkovanja ne smije tuširati niti prati analno područje

3. uzorak dostaviti odmah u mikrobiološki laboratorij

4. rezultat pretrage dostupan je isti dan

Stolica za virološku obradu:

1. uzorak je vodenasta stolica, koja se uzima odmah nakon početka simptoma infekcije

2. uzorak se odmah šalje u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta stolicu pohraniti u hladnjak na + 4⁰C do 24 sata

3. rezultat pretrage dostupan je isti dan

Uzorci tjelesnih tekućina

Vrste:

cerebrospinalni likvor

peritonealna tekućina

krv za dokaz bakterijemije (hemokultura)

Osobitosti:

uzorci tjelesnih tekućina uzima liječnik u strogo aseptičkim uvjetima koji podrazumijeva aseptičku pripremu mjesta aspiracije odnosno venepunkcije, sterilan postupak rada, higijena ruku, korištenje sterilnih rukavica i osobna zaštitna sredstva.

Na taj se način smanjuje rizik kontaminacije uzorka fiziološkom florom bolesnika, zdravstvenog osoblja, nežive sredine i problem interpretacije mikrobiološkog nalaza.

Uzimanje uzoraka:

Uzorci krvi za hemokulturu:

1. hemokultura je kultura krvi radi otkrivanja bakterijemije

2. indikacija za uzimanje krvi za hemokulturu je svako febrilno stanje

(temperatura >38⁰C). Krv se uzima uvijek 1 h prije očekivanog porasta

temperature i uvijek prije nove doze antibiotika

3. hemokultura se uzima pod strogo aseptičnim uvjetima

4. potrebno je dezinficirati čep bočice 70 % izopropilnim alkoholom, pričekati otprilike 1 min da alkohol ispari

5. ispalpirati venu

6. dezinficirati mjesto venepunkcije, 70% izopropilnim alkoholom ili antiseptikom za kožu, u koncentričnim krugovima od sredine prema periferiji, pričekati otprilike 1 min da alkohol ispari

7. ponovna palpacija vene moguća je samo sa sterilnim rukavicama

8. uzeti volumen 2-5 ml za djecu, 5-10 ml za odrasle, najmanje 2 seta hemokultura. Jedan set čine 2 bočice (aerobna i anaerobna oduzete s jednog mjesta venepunkcije). Drugi set čine ponovno dvije (aerobna i anaerobna) bočice oduzete s drugog mjesta venepunkcije. Aerobnu bočicu prepoznajemo po zelenom čepu, anaerobnu bočicu po narančastom čepu. Ako se uzorak krvi uzima iglom i špricom najprije se inokulira anaerobna, a zatim aerobna bočica. Ako se krv uzima pomoću zaštićenog nastavka za punkciju bočice, najprije se inokulira aerobna, a zatim anaerobna bočica.

Djeci se krv za hemokulturu uzima u jednu bočicu s žutim čepom. Inokulacija jedne bočice za hemokulturu se ne preporuča, jer pritom pada osjetljivost metode i vrlo je teško interpretirati značajnost izolata pogotovo kada se izoliraju vrste bakterija koje mogu biti kontaminanti i značajni patogeni (npr. koagulaza negativni stafilokoki, korinebakterije, proprionibakterije).

9. oba seta ne moraju se inokulirati odmah ovisno o kliničkom stanju bolesnika, npr. jedan set se uzme prije očekivanog porasta temperature, a drugi ponovno kod očekivanog porasta temperature ali se uzorkovanje oba seta mora završiti unutar 24 sata

10. ne uzimati veću količinu krvi od preporučene, zbog lažno pozitivnog nalaza

11. inokulirane bočice obilježiti imenom i prezimenom bolesnika, nazivom odjela, vremenom i datumom vađenja hemokultura. Ne pisati preko bar koda bočica.

12. inokulirane bočice se moraju odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, ukoliko nije moguće, staviti ih u termostat ili ostaviti na sobnoj temperaturi. Inokulirane bočice ne stavljati u hladnjak.

13. inokulirane bočice stavljaju se u aparat za obradu hemokultura. Negativan nalaz izdaje se nakon pet dana, pozitivna hemokultura odmah se obrađuje, isti dan se javlja pozitivan preliminaran nalaz prema mikroskopskom preparatu, a idući dan javlja se rezultat kulture i testa osjetljivosti. Većina kliničkih značajnih bakterijemija automatiziranom metodom otkriju se unutar 48 sati, a fungemija 72 sata.

14. kod sumnje na uzgojno zahtjevne mikroorganizme ( skupina HACEK ) vrijeme inkubacije inokuliranih bočica se produljuje do 7 dana, stoga je prethodno potreban dogovor s mikrobiologom da se produži inkubacija hemokultura ili traženu pretragu posebno naznačiti na uputnici

Cerebrospinalni likvor:

1. likvor aspirira liječnik nakon dekontaminacije kože 70% izopropilnim alkoholom ili antiseptikom za kožu u strogo aseptičnim uvjetima na nivou L3-L4 ili L4-L5

2. likvor se sakuplja u dvije sterilne epruvete. Jedna za biokemijsku analizu, a druga za bakteriološku analizu

3. minimalna količina likvora koja se šalje u mikrobiološki laboratorij je 1mL

4. uzorak se hitno šalje u mikrobiološki laboratorij i predaje u ruke djelatniku, ukoliko nije moguće ostavlja se u termostatu ili na sobnoj temperaturi. Ne pohranjivati uzorak u hladnjak

5. uz likvor kod sumnje na infekciju središnjeg živčanog sustava obavezno poslati i 2 seta hemokultura

6. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 7 dana

Ostale tjelesne tekućine ( ascites, amnijska tekućina, perikardijalna, pleuralna tekućina, sinovijalna tekućina ):

1. prije aspiracije sadržaja kožu dezinficirati 70% izopropilnim alkoholom ili dezinficijensom za kožu

2. u strogo aseptičnim uvjetima liječnik uzima uzorak perkutanom aspiracijom ili za vrijeme kirurškog zahvata

3. dobiveni sadržaj stavlja se u sterilnu posudu s ili bez hranjivog medija

4. uzorak se mora odmah poslati u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta u hranjivom mediju ostaviti na sobnoj temperaturi ili u termostatu

5. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 7 dana

Uzorci kože, sluznica i rana

Vrste lezija i ciljani uzorci:

Površna lezija-ciljani uzorci: dva brisa, aspirat rane, tkivo

Duboka lezija- ciljani uzorci: aspirat rane, tkivo

Kronična rana- ciljani uzorci: aspirat rane, tkivo

Tlačni vrijed- ciljani uzorci: aspirat rane, tkivo

Zatvoreni apsces- ciljani uzorci: aspirat rane, tkivo

Otvoreni apsces- ciljani uzorci: aspirat apscesa, tkivo (stijenka apscesa)

Fistula- ciljani uzorci: aspirat dna fistule ili donje trećine fistule

Osobitosti:

Obrisci su najlošiji izbor uzoraka, jer su takvi uzorci kolonizirani odnosno kontaminirani fiziološkom florom kože. U obriscima mikrobi su izloženi isušivanju i kisiku, pa se takav uzorak mora staviti u reduciranu, neselektivnu transportnu podlogu.

Anaerobne bakterije ugibaju izložene zraku, ali u miješanom rastu s aerobnim bakterijama mogu preživjeti dulje od 24 sata.

Prije uzorkovanja ranu treba dekontaminirati sterilnom fiziološkom otopinom ili antiseptikom prema uputama.

Također kod prisutne nekroze kirurg može učiniti nekrektomiju

odnosno kirurški debridman ili debridman potpornim ovojima.

Uzorke koje nije moguće transportirati do mikrobiološkog laboratorija unutar 1-2 sata, treba pohraniti u transportnom mediju i ostaviti na sobnoj temperaturi. Povišena temperatura može uzrokovati različiti rast nekih mikroba, pa čak i smrt, dok niže temperature mogu uzrokovati porast difuzije kisika i smrt anaerobnih bakterija.

Uzorci rana obrađuju se kvalitativno i kvantitativno, što znači da je moguće odrediti količinu mikroorganizama u rani i prisutnost invazivnih patogena.

Pri odabiru obriska kao ciljanog uzorka, rana se može u odnosu na ukupan broj uzročnika odrediti semikvantitativno pri čemu se izrazit gust rast smatra signifikantan i prezentira dominantnu bakterijsku vrstu. Na uputnici potrebno ja napisati vrstu i mjesto rane jer se potencijalne patogene vrste razlikuju ovisno o vrsti rane, mjestu i prisutnom stranom tijelu

Odabirom bioptata može se iskazati i broj mikroorganizama u uzorku što je značajno za interpretaciju izolata u odnosu na kolonizaciju, kritičnu kolonizaciju i infekciju. Prisutna količina mikroorganizama važan je podatak koji govori o virulenciji mikroorganizama.

Preporuča se uzeti >1 mL sadržaja ili >1 gr tkiva, ako je moguće.

Nalaz kulture i testova osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, ovisno da li je kultura pozitivna ili negativna i radi li se o osjetljivoj ili rezistentnoj bakterijskoj vrsti

Općenito o uzorcima kože, sluznice i rana:

Za mikrobiološku obradu rana bitno je odrediti vrstu uzorka s obzirom na :

1. tip rane (kirurška incizija, traumatska povreda, vrijed noge, kronična rana, dekubitus)

2. mjesto rane

3. kliničke znakove infekcije

4. da li je primjenjena antimikrobna terapija, antiseptik, potporni ovoj ili neka druga vrsta potporne terapije (hiperbarična terapija kisikom, vakum potpomognuto cijeljenje rane i dr.)

Bez obzira na vrstu lezije, prije uzimanja uzorka treba ukloniti površinsku mikrobnu floru, kruste, nekrozu, obilan eksudat. Lezija se ne može obeskličiti, ali se ukupna količina mikroflore može smanjiti na 20%.

Postupci dekontaminacije rane su:

1. mehaničko čišćenje fiziološkom otopinom

   • za ispiranje se koristi sterilna fiziološka otopina zagrijana na 37⁰C, ne starija od 24 sata, u količini od 30 mL

   • čišćenje se vrši pomoću igle i brizgaljke

   • potisak mora biti jačine 4-15 PSI ( Pounds Per Square Inch ili težina 435.59 g na kvadrat veličine 2.54 cm), igla 19 gange, brizgaljka 35 mL, a vrh igle udaljen 2.5-5 cmod površine rane. Jačina mlaza može oštetiti tkivo i instalirati i dispergirati bakterije u okolinu

   • čišćenje rane fiziološkom otopinom nema citostatski učinak na tkivo i ne dovodi do odloženog cijeljenja. Primjenjuje se u svim fazama cijeljenja, pri akutnim i kroničnim ranama, te nakon primjene antiseptika.

2. dekontaminacija antiseptikom, ovisi o vrsti rane i fazi cijeljenja

• primjena antiseptika na otvorenu ranu ovisi o vrsti rane ( akutna, kronična), statusu lezije, fazi cijeljenja i prisutnoj infekciji

• indikacije za primjenu antiseptika mora biti individualna, ciljana i ograničena i to kod:

* inficirane akutne rane

* akutne traumatske povrede

* pri kroničnoj rani u dijabetičara i imunokompromitiranih

neutropeničnih bolesnika

• nakon dekontaminacije rane antisepticima, ranu treba isprati sterilnom i zagrijanom fiziološkom otopinom kako bi se izbjeglo potencijalno citotoksično djelovanje antiseptika

Uzimanje uzoraka:

Akutna površna incizija ili rana:

1. prije uzorkovanja ranu treba dekontaminirati, tj ukloniti koloniziranu mikrobnu floru, nekrozu, krustre, eksudat

2. uzorak uzeti suhim ili u sterilnoj fiziološkoj otopina navlaženim brisom

3. obrisati, ne prečvrsto, dno rane, i/ ili rubove rane, ostaviti otprilike 30 sekundi da bris upije sadržaj rane, ne dodirujući brisom rubove kože

4. postupak ponoviti s još jednim brisom

5. precizno naznačiti koji je prvi, a koji je drugi bris

6. ako je u rani prisutan sekret, aspirirati sadržaj iglom i brizgaljkom u količini > 1 mL

7. uzorak dostaviti u mikrobiološki laboratorij unutar 1-2 sata, u sterilnoj posudici ili u brizgaljci s „kapicom“ (bez stavljene igle). U slučaju odgođenog transporta saržaj u transportnom mediju ostaviti na sobnoj temperaturi do 24 h

8. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, mikroskopski preparat, na zahtjev kliničara može se javiti istog dana

9. mikrobiološki nalaz je izražen semikvantitativno i odnosi se na dominantnu bakterijsku vrstu. Moguće je izolacija više od jedne mikrobne vrste, što nužno ne upućuje na kontaminaciju uzorka nego na polimikrobnu etiologiju rane.

10. mikrobiološki nalaz bez obzira odnosi li se na jednu ili više vrsta bakterija treba interpretirati u skladu s kliničkom slikom

Akutna duboka ( organ, organski prostor, incizija ) rana

Kronična rana (dekubitalni ulkus)

Otvoreni apsces

Fistula:

1. prije uzorkovanja ranu treba dekontaminirati, osobito se odnosi na dekubitalni vrijed koji je najčešće koloniziran gram pozitivnim i gram negativnim bakterijama

2. odgovarajući uzorci su aspirat rane i bioptat tkiva. Bris nije adekvatan uzorak

3. eksudat iz lezije aspirirati iglom i brizgaljkom u količini >1 mL

4. uzorak odmah zatvoriti kapicom ( bez igle ) ili staviti u transportni medij

5. ne preporuča se postupak uzimanja eksudata lezije pomoću dva brisa

6. uzorak tkiva uzima se „punch“ biopsijom sa 3-4 mjesta ili kirurškom biopsijom s dva mjesta ( > 1 gr tkiva)

7. bioptat se uzima na granici inficiranog i zdravog tkiva ili iz stijeke apscesa

8. sadržaj fistule se uzima tako da se najprije sterilnom fiziološkom otopinom dekontaminira okolina lezije, a zatim aspirira sadržaj s dna lezije ili donje trećine lezije

9. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, unutar 1-2 sata u brizgaljci s „kapicom“ (bez igle) ili u sterilnoj posudici s ili bez fiziološke otopine. U slučaju odgođenog transporta sadržaj u transportnom mediju ostaviti na sobnoj temperaturi do 12 sati

10. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, mikroskopski preparat, na zahtjev kliničara može se javiti istog dana

Zatvoreni apsces:

1. prije uzorkovanja površinu apscesa dekontaminirati sterilnom fiziološkom otopinom ili 70 % alkoholom ili antiseptikom za kožu

2. uzorak je aspirat iz dubine dobiven punkcijom pomoću sterilne igle i šprice ili bioptat stijenke apscesa nakon kirurške incizije

3. uzimanje uzorka, transport i pohrana identični su kao i kod otvorenog apscesa

4. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, mikroskopski preparat, na zahtjev kliničara može se javiti istog dana

Celulitis:

1. prije uzorkovanja promjenjenu površinu dekontaminirati sterilnom fiziološkom otopinom ili 70 % alkoholom ili antiseptikom za kožu

2. pomoću igle i šprice aspirira se mjesto najizraženije upale

3. uzorak je aspirat koj se uzima iglom (18-25 gange) i brizgaljkom

4. sadržaj se može poslati u brizgaljci s „kapicom“ (bez igle) ili prebaciti u sterilnu posudidicu i hitno poslati u mikrobiološki laboratorij, a vjerojatnost očekivanog izolata je 25-35%

5. u slučaju odgođenog transporta aspirirani sadržaj preliti hranjivim medijem i ostaviti na sobnoj temperaturi

6. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, mikroskopski preparat, na zahtjev kliničara može se javiti istog dana

Opekline:

1. prije uzimanja uzorka bioptata ili aspirata dekontaminirati ranu

2. učiniti kirurški debridman

3. uzeti bioptat s ruba lezije na granici granulacijskog i nekrotičnog tkiva

4. uzorak odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij, u slučaju odgođenog transporta ostaviti u transportnom mediju na sobnoj temperaturi

5. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, mikroskopski preparat, na zahtjev kliničara može se javiti istog dana

Dijelovi kosti i drugi intraoperativni uzorci:

1. uzorak se uzima za vrijeme operativnog zahvata ili zbog ciljane biopsije tkiva

2. dezinficira se koža na mjestu incizije ili biopsije po načelima aseptične pripreme kože

3. bioptate staviti u sterilnu posudu, preliti hranjivim medijem i odmah dostaviti u mikrobiološki laboratorij

4. u slučaju odgođenog transporta, uzorke s bujonom ostaviti na sobnoj temperaturi ili u termostatu

5. nalaz kulture i testa osjetljivosti dostupni su za 2-5 dana, mikroskopski preparat, na zahtjev kliničara, može se javiti istog dana

vrste

• krv, likvor, bioptat, aspirat iz organa i tkiva, svih vrsta tjelesnih tekućina, dubokih apscesa

osobitost

• fiziološki sterilno područje

patogen

• nalazi se u sterilnom području
• prisutan u malom broju
• izolat je uzročnik infekcije

postupci uzimanja

• aseptični, nakon dekontaminacije površine
• kirurški zahvat
• aspiracija iglom

dostava

• odmah, bez transportne podloge
• u specifičnoj podlozi (hemokultura)
• fiziološkoj otopini (tkivo)
• hranjivom bujonu (tkivo)

pohrana

• sobna temperatura do 2 sata
• termostat pri 37˚C (u tekućoj podlozi)

obrada

• odmah

rezultati

• preliminarni (2-4 sata mikroskop)
• konačni (24-72 sata; 5-10 dana uzgoj)

vrste

• ekspektorirani iskašljaj (sputum)
• aspirat traheje
• srednji mlaz urina
• obrisak rane
• obrisak endocerviksa, ždrijela

osobitost

• patogen se nalazi u sterilnom području i do njega se dolazi kroz područje kolonizirano fiziološkom florom kože i /ili sluznice

patogen

• uzorak sadrži patogen, ali i kolonizante- apatogenu fiziološki floru

postupci uzimanja

• stupanj kontaminacije uzorka fiziološkom florom ovisi o postupcima dekontaminacije, te uobičajenim ili posebnim tehnikama uzimanja uzoraka
  • sterilni instrumenti (bronhoskop)
  • priprema bolesnika (urin, rana)
  • dva obriska istovremeno (endocerviks)

dostava

• odmah ili unutar 2 sata

pohrana

• hladionik pri +4˚C
• iznimno termostat ili sobna temperatura, uz uvjet da se nalazi u transportnoj podlozi

obrada

• standardna
• vrijeme trajanja obrade ovisi o vrsti mikroba, vrsti uzorka, određivanju osobitosti mikroba

vrste

• stolica
• usna šupljina

osobitost

• patogena i apatogena flora nalaze se na istome mjestu

postupci uzimanja

• bitni su postupci uzimanja uzorka, da se smanji količina apatogena, tj. prisutne fiziološke flore

dostava

• odmah ili tijekom 2 sata

pohrana

• hladionik pri +4˚ C

obrada

• selektivnim uzgojem dokazujemo patogene

rezultat

• bitno navesti vrstu pretrage, ako se želi dokazati određeni patogen iz uzorka (npr. toksin Clostridium difficile iz uzorka stolice)